Geografía
Por su configuración geográfica que es bastante variada, sus alturas oscilan entre los 245 y 1.240 msnm, con un clima generalmente cálido.

Hidrografía
La principal fuente de agua que irriga el departamento es el Río Grande o Motagua, el cual durante su recorrido permite formar acequias para irrigar terrenos para la siembra de algunos productos agrícolas; además existen otros ríos Plátanos, Hato, Morazán, Sanarate, Las Ovejas, Huyús y Huija.

Orografía
El principal accidente geográfico que presenta el departamento es la Sierra de las Minas, que lo atraviesa al norte del río Grande o Motagua, aunque por la diferencia de sus alturas se encuentran algunos cerros y hondonadas que le dan una característica de terreno irregular.

Zonas de Vida Vegetal
En general en el departamento de El Progreso existen cinco zonas de vida vegetal, según la clasificación propuesta por HOLDRIGE en 1978, las cuales se detallan a continuación:
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me-S que es la zona de Monte Espinoso Subtropical.
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bs-S que es la zona Bosque Seco Subtropical.
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bh-S (t) que es la zona de Bosque Húmedo Subtropical Templado.
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bmh - S (f) que es la zona de Bosque Muy Húmedo Subtropical Frío.
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bp-MB que es la zona de Bosque Pluvial Montano Bajo Subtropical.
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Áreas Protegidas
En el departamento de El Progreso se encuentra la Reserva de la Biósfera de la Sierra de las Minas con 96.000 ha, la cual es administrada por los Defensores de la Naturaleza.

Vías de Comunicación
El departamento de El Progreso cuenta con dos vías de comunicación importantes que son: la carretera Interoceánica CA-9 que lo atraviesa, hacia el norte conduce a Puerto Barrios y hacia el sur a la capital.
Cuenta también con carreteras que lo comunican con otros departamentos y municipios, como la que partiendo de El Rancho se desvía hacia las Verapaces, y otra que conduce a Zacapa y Chiquimula; así como caminos de terracería que une a algunos municipios y aldeas.
La otra vía de comunicación es la vía férrea del Norte, que cruza el departamento y une a la capital con Puerto Barrios.
Según datos obtenidos en la Dirección General de Caminos, hasta el año 1997, este departamento cuenta con 130 km de asfalto, 103 km de terracería y 12 km de caminos rurales.
Geología
Por lo general los suelos han sido considerados pobres, calizos y arcillosos, poco profundos que han ido formándose sobre matorrales sedimentarios metamórficos, serpentina y esquistos.
Capacidad Productiva de la Tierra
Para evidenciar con que capacidad productiva de terreno se cuenta en este departamento, en Guatemala de acuerdo con el Departamento de Agricultura de los EE.UU., existen 8 clases de clasificación de capacidad productiva de la tierra, en función de los efectos combinados del clima y las características permanentes del suelo. De estas 8 clases agrológicas la I, II, III Y IV son adecuadas para cultivos agrícolas con prácticas culturales específicas de uso y manejo; las clases V, VI, y VII pueden dedicarse a cultivos perennes, específicamente bosques naturales o plantados; en tanto que la clase VIII se considera apta sólo para parques nacionales, recreación y para la protección del suelo y la vida silvestre.
En El Progreso prevalece el nivel VII que son las tierras no cultivables, aptas solamente para fines de uso o explotación forestal, de topografía muy fuerte y quebrada, con pendiente muy inclinada.
Otro nivel que sobresale en este territorio es el VIII, que también son tierras no aptas para el cultivo, siendo aptas solamente para parques nacionales, recreación y vida silvestre, así como para protección de cuencas hidrográficas con topografía muy quebrada, escarpada o playones inundables.